Max Keegan a eu l'idée du Berger et les ours après avoir passé deux mois dans une petite communauté écologique dans le sud-ouest de l’Angleterre. Il y réalisait un court métrage sur ses membres qui y vivaient en totale autosuffisance alimentaire, et y a rencontré un monsieur ayant passé du temps dans les Pyrénées dans les années 80. Dans le bus du retour, il a lu un article racontant une attaque d’ours ayant entraîné la mort de plus de deux cents brebis dans les Pyrénées. Il se souvient : "Le sujet m’a donc immédiatement intéressé. Sans savoir d’ailleurs si j’étais pour ou contre la réinstallation des ours dans leur habitat naturel. Je n’étais pas sans opinion, mais impossible de me prononcer de manière tranchée. J’ai beaucoup lu de choses sur le sujet et c’est ainsi qu’est née l’envie de réaliser un documentaire."
Le Berger et les ours est le premier long-métrage documentaire de Max Keegan, cinéaste anglo-irlandais originaire du Sussex. Celui-ci ne parlait pas un mot de français quand il s'est lancé dans le projet. En 2019, un ami qui parlait français l'a accompagné en Ariège afin d’assurer la traduction. Keegan est tombé amoureux de cette région, au point de s'y installer et d’apprendre la langue française.
Si Le Berger et les ours est un documentaire, le réalisateur a souhaité le filmer comme un western. Il a donc décidé de filmer en 1.85, "qui est déjà dur à gérer en fiction mais encore plus compliqué en documentaire. Ce n’est pas seulement un caprice artistique. J’ai la conviction que ce format pousse à être encore plus attentif à ce qui se passe sur l’écran. Le cadre n’est plus simplement focalisé sur l’action mais également sur tout ce qui se passe autour d’elle."
Les villageois étaient au premier abord méfiants, car ils craignaient que les images filmées soient biaisées ou manipulées. Mais le réalisateur a su gagner leur confiance : "Dès le départ, j’ai prévenu que nous resterions longtemps sur place. Un an, peut-être deux, afin de les connaître et ne pas caricaturer leur mode de vie et de pensée. Nous avons beaucoup transpiré pour avoir ces images (rires)."