Si Patrick Cassir ne s'est pas lancé dans le projet avec l'idée d'écrire un film sur sa mère, il s'est retrouvé inconsciemment à mettre sur le tapis la maladie de cette dernière, atteinte d'un cancer. "Au départ, j’avais envie d’écrire une comédie de situations. C’est mon genre préféré. J’ai commencé à imaginer des situations de comédie fortes dont celle d’un jeune couple qui finit par dormir chez un taxi. À la fin la fille demandait au garçon « - Pourquoi on ne va pas chez toi ? - Parce que ma mère est malade. »", explique-t-il. Avec Tout va super, il voulait aussi parler des proches des malades, de celles et ceux qui sont à leurs côtés.
Patrick Cassir revendique l'influence de Judd Apatow, pour la façon dont Tout va super aborde avec humour le thème de la maladie : "C’est quelqu’un qui a autorisé les gens de ma génération à traiter ce genre de sujet s’ils en ont envie. Et j’aime les pitchs qui ne sont peut-être pas extraordinairement forts au départ mais qui se déploient. Tirer le quotidien vers la comédie, c’est ce que j’aime faire."
C'est ainsi que la compagne de Patrick Cassir décrit Tout va super. Elie et sa mère Sylvaine ont une relation fusionnelle, à l'instar de celle qui liait le réalisateur à sa mère. Ce dernier raconte : "C’est de la fusion totale. Une relation presque amoureuse, faite de hauts et de bas, d’engueulades et de réconciliations. [...] Il est vrai que lorsqu’elle était encore là, j’appelais ma mère sept fois par jour."
Le réalisateur a écrit le rôle d'Anaïs pour Marie Colomb, en la découvrant dans la mini-série Laëtitia quatre ans plus tôt : "Elle possède une présence, une intensité de jeu qui sont rares et vertigineuses. C’est exactement ce que je voulais pour faire la balance avec Hakim [Jemili]. Il faut réussir à contrer, à déstabiliser les comédiens comiques, notamment en les mettant face à des actrices qui n’ont pas le même répertoire qu’eux, le même tempo. Et c’est le cas de Marie."
Rudy Milstein, coscénariste de Tout va super, incarne également le personnage de Fabien l’aide-soignant. Il n'était pas question qu'il joue dans le film, mais Patrick Cassir avoue : "Je lui ai fait passer des essais et c’était vraiment le meilleur pour le rôle."
Les scènes censées se dérouler au Liban ont en réalité été filmées en Grèce. Il n'était pas possible de tourner à Beyrouth, car cela se passait "peu de temps après les explosions de bipeurs au Liban, mais comme je connais très bien Athènes je savais que je trouverais des endroits qui ressemblent à Beyrouth", confie le réalisateur.