Lac noir est le premier long-métrage de Jean-Baptiste Germain. Celui-ci souhaitait livrer un portrait de son plus vieil ami, Bruno Dauphin. Après avoir nourri ce fantasme pendant plusieurs années et frustré par des projets qui n'aboutissaient pas, Jean-Baptiste Germain décide de se lancer spontanément dans le tournage de Lac Noir avec la complicité de Bruno Dauphin.
Lac Noir a été tourné en noir et blanc dans un format 4/3, avec une équipe réduite dans des régions chères à Jean-Baptiste Germain (la Drôme et l’Ardèche). Celui-ci avait au départ trois pages de synopsis pour le film qu'il a finalement déchirées avant le début du tournage avec l'acteur principal, Bruno Dauphin.
Lac Noir cherche à briser les frontières entre documentaire et fiction. C'est pourquoi, à l'instar de Bruno Dauphin, le casting est composé d'amis très proches du metteur en scène. Ces derniers ont été invités à rejouer des moments précis de leur vie associés à la trame fictive du film. Tous les prénoms des personnages sont d'ailleurs les vrais prénoms des acteurs, dans le but d'entretenir le flou entre fiction et documentaire : "Le film va ainsi interroger notre rapport au vrai et au faux en posant quelques questions clefs. Ce film est-il une fiction ou un documentaire ? Ce personnage de Bruno préexiste-t-il au film ? (...) Le film n’a donc pas pour ambition de répondre précisément à ces interrogations mais d’interroger nos rapports à la croyance."
Voulant reproduire au mieux la réalité qu'il filmait, Jean-Baptiste Germain a laissé tourner la caméra durant toute la scène du repas, soit près d'une heure. Le montage final montre donc les acteurs en train de réellement manger et, surtout, boire.