Au départ, Nicolas Charlet et Bruno Lavaine avaient imaginé cette histoire pour un nouveau spectacle, pensé comme un roman-photo qu’ils auraient projeté et doublé en direct sur scène. Les cinéastes confient : "L’histoire d’un chauve qui rencontre son double mais avec un brushing. On a raconté ce projet théâtral à nos producteurs qui nous ont dit : 'Mais pourquoi vous n’en feriez pas plutôt un film ?'. On n’y avait même pas pensé ! En basculant cette histoire au cinéma, on s’est rendu compte qu’on allait pouvoir cultiver ce qui nous passionne : travailler la comédie avec des comédiennes et des comédiens !"
"On s’est mis à écrire Alter Ego en imaginant le plaisir qu’on allait avoir à diriger les scènes, à réunir les gens qui nous font le plus rire actuellement. On a vraiment pensé ce scénario comme un terrain de jeu, pour eux, pour nous. On voulait le plus possible se débarrasser de tout ce qui peut encombrer la comédie et se concentrer sur l’essentiel : une situation, des comédiens."
Pour incarner les deux personnages principaux, Alex et Axel, les réalisateurs ont pensé très tôt à Laurent Lafitte. Ils expliquent : "Il fallait un comédien de grand génie, avec une grande technique, capable d’un tour de force assez rare et particulièrement risqué : faire croire qu’il est deux personnages véritablement différents à l’écran !"
"Un comédien capable de proposer des choses dans les deux personnages opposés. Et un comédien qui aime jouer avec tous les registres que l’on déploie dans le film. On a très tôt pensé à Laurent pendant l’écriture, ce qu’on s’interdit d’habitude. Mais là c’était différent, tout repose sur lui. C’est un film d’acteur pour un acteur."
Alter Ego joue avec les codes du cinéma de genre et s’amuse même des genres. C’est une comédie, mais aussi un thriller parano, avec un postulat quasi de film d'horreur. On bascule même, petit à petit, dans la folie, le film noir : "C’est pile ce qu’on adore, le mélange des genres, le mélange des registres. Plonger le spectateur dans une zone d’incertitude : qu’est-ce que je regarde ? Qu’est-ce ce qui se trame ? Quel personnage croire ? Quel camp choisir ?"
"Mais tout ça traité par le rire ! On adore le cinéma quand il aborde des sujets graves tout en restant ludique. Et l’introduction d’un élément fantastique dans le quotidien, un grain de sable dans un mécanisme bien huilé, c’est souvent la promesse de situations explosives qui vont révéler les personnages. Dans la vie, le moment où on est le plus vulnérable c’est quand les choses ne fonctionnent plus comme d’habitude", racontent Nicolas Charlet et Bruno Lavaine.
La mystérieuse entreprise COGIP, présente dans l'univers de Nicolas Charlet et Bruno Lavaine depuis l'émission humoristique Le Message à Caractère informatif, refait surface dans Alter Ego. Cette fois, la COGIP est imaginée comme "un endroit fixe dans le temps, où rien n’a bougé depuis 1982." Son absurdité réside dans le fait que ni les spectateurs ni les salariés ne savent ce qu'elle produit, ce qui en fait un symbole kafkaïen de l'absurdité du quotidien professionnel. "Quelque part, on travaille tous plus ou moins à la COGIP", un reflet satirique des entreprises modernes.
Le vertige du film tient, au départ, au fait qu’Alex perd ses cheveux mais Axel, non. Les cinéastes Nicolas Charlet et Bruno Lavaine développent les raisons de ce point de départ capillaire : "Dans le film, on joue beaucoup avec les archétypes de réussite masculins : la bagnole, les fringues, le nombre de bouteilles de vin dans sa cave, savoir jouer de la guitare, exposer sa femme-trophée, le physique, la virilité... et bien sûr les cheveux !"
"Alex s’en défend, il dit que ça ne compte pas, mais le spectateur voit bien que c’est un vrai sujet pour lui. Blanche Gardin, qui joue sa femme dans le film, l’évoque dès le début, comme un petit dossier rampant : « Oh mais arrête avec tes cheveux ! », « C’est encore ton problème de confiance en toi ? ». Tout ça le renvoie à son rapport à la virilité, d’autant plus qu’il entend son voisin faire l’amour avec beaucoup de réussite en permanence."
Pour apparaitre en double à l'écran, Nicolas et Bruno n'ont pas voulu faire appel à des effets spéciaux. Laurent Lafitte a tourné face à un véritable acteur, Ahmed Hammadi Chassin. Chaque jour, les scènes étaient tournées avec un axe, puis dans l'autre sens, et les deux acteurs inversaient les rôles, avec un acteur en amorce du plan et inversement. Puis, au montage, Nicolas et Bruno ont fait en sorte de ne garder que Laurent Lafitte. A noter que le nom d'Ahmed Hammadi Chassin est mentionné en tout début de générique de fin afin de ne pas invisibiliser son travail.