Le film a été présenté à l'ACID au Festival de Cannes 2022.
Lors du montage de son film précédent, Les Enfants d’Isadora, le réalisateur Damien Manivel a été troublé par le dernier plan quand Elsa Wolliaston lève ses yeux vers le ciel. « Je lui ai trouvé un accent mystique. Je me suis alors dit qu’il fallait que je fasse un film autour du sacré avec elle. » Après avoir effectué des recherches sur la vie des saints, son choix s’est fixé sur Marie-Madeleine, dont peu de représentations la montrent âgée. Des légendes du Moyen Âge racontent qu’après la mort du Christ, elle s’était isolée dans une forêt hostile pour y passer le reste de sa vie avec le souvenir de son amour perdu. « Ce qui m’a animé en tant que cinéaste, c’est de rêver à ce qui pourrait s’être passé dans cette forêt. Comment mangeait-elle, dormait-elle, observait-elle le monde autour d’elle et à quoi pensait-elle ? Le film est donc une rêverie sur son ermitage et plus particulièrement sur les derniers jours de sa vie. »
Le tournage s’est déroulé en trois sessions de courte durée. À l’origine, Magdala devait être entièrement muet mais, une fois la première session terminée, le réalisateur s’est rendu compte qu’il manquait de la voix à son film : « Il y a peu de paroles et elles sont souvent murmurées, parfois criées, toujours traitées en tant que matière poétique. L’araméen ancien était incontournable. C’est une langue qui contient une beauté, quelque chose de l’ordre du chant et du mystère. Nous avons trouvé un traducteur et ensuite, on a réécrit librement une partie du Cantique des Cantiques. »
Pour Damien Manivel, un film doit toujours nourrir deux projets, « un projet de surface qui doit être senti, personnel, et sous cette surface, il faut un second projet, plus secret, qui maintienne constante la vivacité de mon émotion. » Avec Magdala, il s’agissait de filmer un personnage biblique tout en faisant le portrait d’Elsa Wolliaston, avec qui il collabore depuis treize ans. « Le plus important pour moi était de lui offrir un premier rôle à la mesure de son talent et de sa puissance. J’avais besoin de lui faire ce cadeau, je crois. »
Magdala est grandement influencé par la peinture, en particulier celle de De La Tour. Le réalisateur n’a utilisé que des bougies et l’éclairage naturel comme lumière, privilégiant les aubes, les crépuscules et les paysages brumeux.
Magdala a été tourné dans les monts d’Arrée. Le réalisateur raconte : « C’est l’endroit le plus vallonné de Bretagne avec des forêts très denses. Un paysage intemporel. Avec des rochers qui sont posés là et de très beaux ciels. C’est très étrange, j’ai découvert ce paysage en le traversant en voiture avec mon père. »