Le titre Cotton Queen trouve son origine dans une découverte inattendue de Suzannah Mirghani au cours de ses recherches sur l'industrie cotonnière. Une simple note de bas de page évoquant un concours de beauté organisé dans les années 1930 pour promouvoir le coton colonial britannique a immédiatement retenu son attention. La réalisatrice y a vu le point de départ idéal pour raconter comment les jeunes femmes se retrouvent au croisement du colonialisme, du patriarcat et des mutations économiques. "J'ai immédiatement su que ce serait le titre de mon film", confie-t-elle.
En recherchant des lieux de tournage au Soudan, la réalisatrice a rencontré de nombreux producteurs de coton et a découvert que le coton local soudanais n'existait plus. Elle développe : "le coton traditionnel a été remplacé par des variétés génétiquement modifiées, importées de l'étranger. Cela a complètement transformé les méthodes de travail des agriculteurs, qui dépendent désormais davantage des grandes entreprises pour leur subsistance, ce qui a entraîné la disparition de leurs réseaux traditionnels et communautaire".
À l'origine, Cotton Queen devait être intégralement tourné au Soudan. Mais l'éclatement de la guerre civile en 2023 a contraint l'équipe à déplacer la production en Égypte. "La proximité de ces pays, leurs cultures communes et leurs paysages similaires, avec le Nil et les champs de coton, rendaient ce choix tout à fait cohérent", explique la réalisatrice.
Après plusieurs semaines de repérages entre Assouan, Minya et le Fayoum, l'équipe a trouvé un paysage suffisamment proche pour recréer un village soudanais, allant jusqu'à construire des façades et des rues entières. La plupart des acteurs et techniciens soudanais, eux-mêmes réfugiés en Égypte, ont ainsi pu participer au tournage malgré leur exil.
Avant de lancer Cotton Queen, Suzannah Mirghani a réalisé en 2020 le court métrage Al-Sit, centré sur l'un des personnages du futur long métrage. Ce film lui a permis de présenter sa vision du film et de démontrer le potentiel d'un casting essentiellement composé d'acteurs soudanais débutants, mais aussi de convaincre les partenaires internationaux de l'existence d'un véritable cinéma soudanais. L'accueil réservé à ce court métrage a ouvert la voie à ce premier long.
Les chansons et les poèmes occupent une place essentielle dans la narration du film. Suzannah Mirghani explique que, dans la société soudanaise traditionnelle, la musique constitue l'un des rares espaces où les jeunes filles peuvent exprimer librement leurs désirs et leurs frustrations : "Elles peuvent composer des paroles qui seraient inacceptables dans tout autre contexte social".