Pour sa première expédition à bord d'une navette spatiale, le docteur Ryan Stone, brillante experte en ingénierie médicale, accompagne l'astronaute chevronné Matt Kowalsky qui effectue son dernier vol avant de prendre sa retraite.
Un petit garçon découvre qu'il possède des pouvoirs surnaturels et qu'il n'est pas né sur Terre. Plus tard, il s'engage dans un périple afin de comprendre d'où il vient et pourquoi il a été envoyé sur notre planète.