Une fois sorti de prison, un détenu se retrouve face à son passé et n'a pas d'autre choix que de fuir vers une contrée lointaine pour y refaire sa vie.
Après des années passées loin du monde des humains, les frères Tortues entreprennent de gagner le cœur des New-Yorkais et d'être acceptés comme des adolescents normaux grâce à des actes héroïques. Leur amie April O'Neil les aide à s'attaquer à un mystérieux syndicat du crime.