Une fois sorti de prison, un détenu se retrouve face à son passé et n'a pas d'autre choix que de fuir vers une contrée lointaine pour y refaire sa vie.
Après des années passées loin du monde des humains, les frères Tortues entreprennent de gagner le cœur des New-Yorkais et d'être acceptés comme des adolescents normaux grâce à des actes héroïques. Leur amie April O'Neil les aide à s'attaquer à un mystérieux syndicat du crime.
Adam Franco est un agent infiltré, effectuant le sale boulot partout où il est nécessaire. Sa nouvelle mission, intégrer une organisation mafieuse en France pour déjouer un attentat terroriste imminent dans la capitale.