Dans ce quatrième et ultime opus d'Evangelion, la WILLE débarque à Paris, ville détruite par une catastrophe nucléaire. L'équipage du vaisseau Wunder atterrit sur une tour de confinement et dispose de seulement 720 secondes pour reconstruire la ville. Quand une horde de Nerv Evas surgit, l'unité 8 Eva de Mari doit les intercepter. De leur côté, Shinji, Asuka et Rei continuent à errer au Japon.
Le monde est en grand danger ! Considérant les Alters comme un fléau, l’organisation Humarise a décidé d’éradiquer les détenteurs de ces pouvoirs de la surface du globe. Pour ce faire, elle a placé des bombes exacerbant les Alters, jusqu’à en tuer leurs possesseurs.
Avant de devenir protecteur, Kenshin était un redoutable assassin nommé Battosaï. Après sa rencontre avec l'affable Tomoe Yukishiro, tout commence à changer pour lui.