Quelques jours avant le concert inaugural de la salle de concert Doumoto, une explosion blesse mortellement la violoniste de renommée internationale Kabe Souko et deux musiciens. Quand la police découvre que la victime avait quelques instants avant l'explosion envoyé un SMS à la chanteuse d'opéra Akiba Reiko, Conan et ses amis ne tardent pas ...
Conan et ses amis effectuent une croisière sur l'Aphrodite, un bateau de luxe. Mais Sonoko est agressée, et la situation change soudainement ! D'autre part, sur terre, le designer du bateau est assassiné. Sur le bateau, Conan et Kogoro mènent l'enquête en se basant sur le témoignage de Sonoko. Survient alors un meurtre !! Tous les ...