Le statut d'un jeune espion vedette est menacé par un nouvel agent. Après qu’une erreur de sa part ait permis à un méchant de voler une technologie avancée, il doit collaborer avec son rival.
Le major Motoko Kusanagi a quitté la section 9, Togusa a pris sa place. Un intrus d'exception, surnommé "The Pupeteer", commet des actes terroristes et le major pourrait être impliqué dans l'affaire.
Autrefois, le Peuple des Mers construit un temple et y cacha un trésor : la Couronne des Mers. De nos jours, Sacha et Pikachu rencontrent Lizabeth, descendante du Peuple des Mers et Jackie, Pokémon Ranger chargé de protéger un oeuf de Manaphy et de trouver le Temple. Soudain, les voilà attaqués par Fantôme le pirate qui projette de conquérir le monde et voler la Couronne des Mers, mais pour cela il a besoin de cet oeuf.
« Pourquoi moi ? » fut la dernière pensée de Rune Balot, adolescente prostituée brûlée vive par un tueur en série… Ramenée à la vie grâce à une incroyable technologie, Rune se réveille totalement transformée en cyborg.
Sacha, Pierre, Flora et Max reçoivent une invitation du Docteur Yung pour leur montrer sa toute nouvelle invention. Arrivés là-bas, ils sont rejoints par le Professeur Chen et Ondine. Le Professeur félicite le Docteur Yung pour son invention. Ce dernier révèle alors qu'elle permet de faire apparaître des Pokémon améliorés et connaissant des attaques qui ne leur sont pas naturelles.
Melody est une chanteuse au grand cœur, peu sûre d'elle, qui doit surmonter les plans diaboliques de Rose Stellar, une reine de la pop jalouse qui a juré de la détruire.
La révolte juive contre Rome qui s'est terminée par la destruction du Temple juif de Jérusalem en l'an 70 et le début de l'exil de 2000 ans du peuple juif.
Kotaro visite la distillerie Komada pour un projet sur le whisky artisanal japonais. Dirigée par la jeune présidente Rui qui a repris le commerce familial, la distillerie travaille dur pour reproduire son whisky signature, Koma, qu'elle a cessé de produire des années auparavant. Cependant, sans même parler du soutien financier, trop de choses manquent pour ressusciter le whisky perdu.