Après une Licence de Lettres et un diplôme théâtral, Joële van Effenterre effectue des études à l'IDHEC, d'où elle sort également diplômée. En 1968, elle débute en tant que monteuse sur Wheel of ashees (Peter-Emmanuel Goldman) et, l'année suivante, devient chef monteuse à la Télévision Suisse Romande, où elle reste six ans. Parallèlement, elle continue à travailler pour le cinéma, sur des films tels que Les arpenteurs (Michel Soutter ; 1972) ou L'invitation (Claude Goretta ; 1972). Depuis, elle a travaillé sur une cinquantaine de films, dont Diabolo Menthe (Diane Kurys ; 1977), Le Grand Pardon (Alexandre Arcady ; 1981), Music Box (Constantin Costa-Gavras ; 1989), Tout le monde n'a pas eu la chance d'avoir des parents communistes (Jean-Jacques Zilbermann ; 1993).

Avec Artemise (1988), elle devient réalisatrice de documentaires.

Enfin, Joële van Effenterre est également scénariste, puisqu'elle a coécrit L'homme est une femme comme les autres (Jean-Jacques Zilbermann ; 1997).