Une bande d'anciens soldats d'élite est forcée de se reformer quand la fille de leur ancien commandant est kidnappée. Cependant, l'allégeance de chacun est mise en doute lorsque l'un d'entre eux est accusé d'avoir tué un membre de l'équipe. Les anciens frères d'armes vont devoir user de toutes leurs ressources pour remonter la trace du kidnapping.
Un groupe de jeunes expatriés américains s'est réfugié à Hong Kong pour échapper à une agence gouvernementale secrète. Cette dernière les poursuit dans le but d'exploiter leurs pouvoirs télékinétiques et de voyance.
Infernal Affairs 2 se situe plus de dix ans avant le premier film : il raconte le parcours de jeunesse de Chan, qui vient tout juste d’infiltrer les triades, et Lau, qui entre dans la police, ainsi que la prise du pouvoir par Sam au sein du gang.