Dans le monde de l'espionnage, certaines missions exigent un agent doté d'un ensemble unique de compétences, possédant non seulement de la bravoure mais aussi la capacité de faire fondre même le cœur le plus méchant. C'est le travail de C.I. Ape ! Le tout premier chimpanzé à rejoindre la C.I.A. Lorsqu'un complot criminel est découvert, la C.I.A. se tourne vers lui, son agent le plus unique, pour déjouer le complot de l'intérieur.
Cooper Thompson est un élève brillant et sans histoire jusqu'au jour où il est victime d'un accident de voiture. Il commence à avoir des crises de colère et à s'éprendre de sa professeure de Littérature. Son désir pour elle le pousse à commettre l'irréparable.