Les camarades de lycée Yuu et Haru voyagent entre le monde réel et un univers parallèle fantastique pour aider leur amie Kotona, dont la vie est menacée.
An 2307, les énergies fossiles ont été épuisées et l'humanité s'est tournée vers l'énergie solaire grâce à trois ascenseurs orbitaux de 50 000 km permettant de transmettre l'énergie solaire à trois grands blocs nationaux : l'AEU, la LRH et l'Union. Malheureusement, l'énergie produite par ces ascenseurs ne profite pas à toutes les nations, ce qui attise des conflits et en fait perdurer d'autres. Une organisation répondant au nom de « Celestial Being » émerge et annonce qu'elle utilisera désormais ses Mobile Suits Gundam pour éradiquer tous les conflits.