Trois jeunes apprentis faucheurs d'âmes, de l'école Shibusen, apprennent à devenir de vrais faucheurs d'âmes confirmés. Pour se faire, ils possèdent des armes humaines pouvant prendre l'apparence d'armes diverses. Malheureusement de nombreux obstacles barrent la route des protagonistes.
Tokyo, 2050. La présence de firmes étrangères amène chaos et corruption au coeur de la ville. Les quartiers de Shibuya, Roppongi et Akihabara deviennent rapidement des zones de non-droit où des milices équipées de Mecha armés de gros calibres font la loi.