Jean-Michel Roux débute sa carrière dès l'adolescence dans une petite troupe théâtrale dont il s'amuse à filmer les comédiens. A l'âge de 19 ans, il réalise son premier court métrage, Quartier sauvage, fortement ancré dans le fantastique. Plus tard, il signe deux autres courts métrages, à nouveau fantastiques : La Voix du désert et Trop pres des dieux.

En 1997, Jean-Michel Roux réalise Les Mille Merveilles de l'univers, un premier long métrage de science-fiction qui obtient le Prix du meilleur film européen à la Mostra internationale de Rome, ainsi que le Grand Prix du Festival de Malmö. En 2000, il signe Enquête sur le monde invisible, film-documentaire sur les elfes en Islande.