Formé à l'ICAIC (Instituto Cubano de Arte e Industria Cinematográficos) de Cuba, puis au Sénégal au contact du cinéaste Soumarou-Vieyra, Flora Gomes commence par travailler au Ministère de l'information de son pays la Guinée-Bissau en tant que reporter.

A la fin des années 70 il réalise quelques courts métrages, puis passe au long en 1988 avec Mortu Nega qui évoque la lutte pour l'indépendance de la Guinée. Il revient au cinéma en 1992 avec Les Yeux bleus de Yonta, centré sur la ville de Bissau.

Au milieu des années 90, Flora Gomes est reconnu internationalement, en témoigne la sélection de ses films en compétition officielle de grands festivals comme Cannes où figure L' Arbe aux âmes en 1996, et Venise où est présenté Nha fala en 2002, avant de sortir sur les écrans français en 2003.