Infernal Affairs 2 se situe plus de dix ans avant le premier film : il raconte le parcours de jeunesse de Chan, qui vient tout juste d’infiltrer les triades, et Lau, qui entre dans la police, ainsi que la prise du pouvoir par Sam au sein du gang.
Buck Yuen, vendeur dans un magasin, rencontre un détective qui lui assure qu'il est le fils perdu d'un riche homme d'affaires coréen. En Corée, il se retrouve bientôt plongé dans une sombre affaire tournant autour d'un virus cancérigène...