L’histoire d’un assassin génétiquement modifié pour être la parfaite machine à tuer. Sa dernière cible est une multinationale dont l’objectif est d’obtenir le secret du passé d’Agent 47 pour créer une armée de tueurs dont les pouvoirs surpasseront même les siens.
Un agent du FBI est enfermé à Alcatraz, redevenu une prison de très haute sécurité, pour une mission secrète. Celui-ci va devoir affronter un commando qui a pris d'assaut le célèbre pénitencier pour faire libérer un détenu condamné à mort.