Au sous-sol de la maison qu'il partage avec sa maman et son inventeur de beau-père, Leo découvre trois jeunes super-héros dotés de pouvoirs bioniques. Le trio convainc l’adolescent de les emmener avec lui au lycée pour leur permettre d'expérimenter la vie normale.
Deux ans après avoir combattu le Bouffon Vert, Spider-Man, nouveau justicier new-yorkais tourmenté par son lourd secret, poursuit sa lutte contre le crime. L'homme-araignée est opposé à un redoutable ennemi : le docteur Octopus.