Mike Mendez réalise des courts métrages en vidéo et des films Super-8 depuis l'âge de dix ans. Après ses études secondaires, il travaille sur de nombreux tournages, exerçant des activités très diverses, d'assistant de production à maquilleur.

En 1996, il réalise son premier long métrage, Killers, présenté au Festival de Sundance la même année, et se voit récompensé par un succès à la fois critique et public.

Il est alors pressenti pour réaliser Sleepy Hollow, mais c'est finalement Tim Burton qui est choisi.

Le couvent (2000) est son deuxième long métrage.