Sakaido, ancien détective privé, se retrouve en prison, après avoir décidé de se venger du meurtrier de sa fille. Depuis ce jour, il aide la police à retrouver des ciminels à l'aide d'un système lui permettant d'infiltrer leur "id".
L'histoire se centre sur Zen Seizaki, un procureur du district de Tokyo. Alors qu'il enquêtait sur des actes illégaux commis par une société pharmaceutique, Seizaki tombe sur une conspiration au sujet d'une élection pour une «nouvelle zone» autonome établie dans l'ouest de Tokyo.