Cinq cents ans se sont écoulés depuis que de mystérieuses « Bêtes » ont exterminé le genre humain et les animaux vivant sur Terre. Les rares survivants se sont installés sur des îles flottant dans les airs, hors de portée de ces terrifiantes créatures.
Hairi Takahara ne s'attendait pas à vivre un tel été ! Envoyé sur l'île de Torishirojima pour trier les affaires de sa grand-mère décédée, il est confronté à l'étendue infinie de la mer, à un parfum de nostalgie et surtout, il croise de mystérieuses filles, chacune poursuivant quelque chose qui lui échappe. Alors qu'il prend le rythme de la vie sur l'île, des souvenirs perdus commencent à refaire surface. Des choses qu'il avait oubliées depuis longtemps....