Afin de protéger la planète en ruine contre les Fallen Angel, des élus possédant des pouvoirs furent réunis afin de piloter des Vector Machines, des vaisseaux de combat pouvant s'unir à 3 pour former un Aquarion. Apollo fait partie de ces jeunes élus bien qu'il ne possède par la paire d'aile qui les distingue des êtres normaux. Suite à la disparition de son meilleur ami Baron, Apollo va rejoindre ces élus afin de combattre ces mystérieux ennemis, dans l'espoir de revoir son ami sain et sauf.
Anne, une petite fille de 11 ans passionnée de sciences, construit un android de ses propres mains. Le jour où Nick découvre son laboratoire secret, tous ses amis se portent volontaires pour aider Anne dans ses recherches et expériences scientifiques.
En 2105, l'UMP Cruiser part en mission mais se trouve aspiré dans un trou de verre, et piégé dans un monde inconnu. Leur chemin vers la Terre sera semé d'embuches et de nouvelles découvertes...
Un groupe de météorologistes américains, connu sous le nom de Stormshield, travaille sur un projet gouvernemental qui a pour but de prédire et contrôler les tempêtes et les ouragans.
Lorsqu'un vaisseau carcéral emprisonnant les aliens les plus dangereux de l'univers s'écrase dans le sud de la Californie, un flic de l'espace recrute deux jeunes employées d'une pizzeria afin de retrouver tous ces criminels qui se sont fondus dans la masse.