Julián est tué lors de la Bataille de Teruel. Amelia et Alonso refont équipe avec Pacino, à l’occasion d’une affaire d’espionnage les opposant à des agents du KGB, en 1958. Ceux-ci ont décidé de tirer parti de la venue d’Alfred Hitchcock au Festival de San Sébastien, pour le capturer afin qu’il se mette au service de la propagande soviétique.
À la suite d'un décès tragique, les membres de l'équipe doivent faire face à une conspiration autour d'une visite en Espagne du réalisateur Alfred Hitchcock.
S03E02 - Le temps de la résistance
Un espion espagnol capturé dans la France occupée par les nazis en temps de guerre s'avère être un personnage clé du passé du ministère, sans parler de son avenir.
S03E03 - Le temps des sortilèges
Alors qu'ils tentent de redresser une ride dans la chronologie, les membres de l'équipe se retrouvent confrontés à un mystère surnaturel dans une ville étrange.
S03E04 - Le temps des Lumières
En mission pour persuader l'artiste Goya de repeindre un chef-d'œuvre vandalisé, le trio fait face à des intrigues, des cœurs brisés et à la montée d'une nouvelle menace.
S03E05 - Le temps des splendeurs
Les membres de l'équipe retournent à l'apogée de l'âge d'or espagnol, lorsque le traité de paix entre Philippe III et la Grande-Bretagne est menacé.
S03E06 - Le temps des esclaves
Lors d'un autre voyage dans l'histoire, la dernière mission de l'équipe implique un complot anti-monarchiste et une lutte pour sauver le roi Alphonse XII d'une mort prématurée.
S03E07 - Le temps de la censure
Irene rejoint Pacino et Alonso dans une mission visant à aider le dernier film du célèbre réalisateur Luis Buñuel à passer les strictes lois de censure franquiste en 1961.
S03E08 - Le temps de la conquête
Leur dernière mission renvoie Pacino et Alonso à l'époque des conquistadors pour assurer la survie de deux personnages clés de l'histoire espagnole.
S03E09 - Le schisme du temps
L'"Ange exterminateur" kidnappe le rabbin Levi, mais il parvient à s'échapper, fuyant à travers le temps jusqu'à l'époque du XVe siècle de l'antipape Benoît XIII.
S03E10 - Les réfugiés du temps
Le ministère est confronté à des défis sur trois fronts temporels différents, notamment une crise à la cour de Philippe III et un Simon Bolivar en danger.
S03E11 - Le temps de la fête
Alors que le ministère s'occupe de la perte de mémoire de Martha, Pacino et Lola doivent assurer le succès de la première de la zarzuela "La Verbena de la Paloma" en 1894.
S03E12 - Contretemps
Le ministère est chargé de protéger l'élection du président Adolfo Suarez afin de préserver la transition de l'Espagne post-franquiste vers la démocratie.
S03E13 - Entre deux temps
Les agents du ministère qui voyagent dans le temps s'efforcent d'empêcher une émission de télévision des années 1960 de révéler leur existence en romançant leurs missions classifiées.