Alors que le Ministère du Temps s'apprête à déménager dans de nouveaux locaux, une alarme temporelle survient, tellement forte qu'elle perturbe tout le système informatique permettant au Sous-Secrétaire Salvador de veiller sur l'Histoire.
L’équipe se réunit après trois ans pour enquêter sur un acteur débutant qui ressemble exactement à Julián, que l'on croyait tué au combat.
S04E02 - Le Labyrinthe du temps
Alonso et Irene voyagent à la cour de Felipe IV après avoir appris qu'une femme du XXe siècle interfère avec le passé.
S04E03 - Le temps de Bloody Mary
Alors que l’équipe se rend en Angleterre pour empêcher Elizabeth Ire d'être assassinée avant d'être couronnée reine, Amelia retourne au Ministère pour aider Julián.
S04E04 - La mémoire du temps
Deux équipes sont envoyées en 1937 : Julian et Lola vont à Madrid pour enquêter sur un possible vol des Meninas de Velázquez, tandis que Pacino, Irene et Velázquez vont à Paris pour s'assurer que Picasso peint Guernica.
S04E05 - Remonter le temps
Après l'enlèvement de Lola, Pacino décide de modifier le passé pour la sauver, mais le prix à payer pourrait être élevé.
S04E06 - Temps Relatif
Lorsque Albert Einstein est assassiné à Madrid et que son ami et collègue Emilio Herrera est soupçonné, Salvador se doit de prendre les choses en main.
S04E07 - Passé imparfait
En 1832, le roi Fernando VII est empoisonné. Le ministère l'emmène en 2020 pour le soigner et le remplace par une doublure. Pacino et Alonso doivent s'assurer que personne (pas même la reine) ne s'en rende compte pendant que le roi se rétablit.
S04E08 - Chroniques d’un Futur révolu
Le cadavre d'un enfant d'un an est retrouvé près du siège du ministère. Salvador avoue le crime et explique comment Julian s'est retrouvé en l'an 2070.