Après que Jubal ait échappé de justesse à une attaque calculée contre un bureau secret du FBI , l'équipe découvre qu'un groupe terroriste dissident a infiltré le FBI.
Lorsqu’un plombier de Brooklyn est assassiné dans l’explosion de son véhicule, l’équipe découvre que la victime, qui semblait "ordinaire", cachait un passé lié à des opérations secrètes de la CIA.
S07E02 - Le trésor caché
L'équipe est sur l'affaire lorsqu'un couple de banlieue est assassiné et que toutes les preuves médico-légales pointent vers l'ancien propriétaire de la maison, qui purge actuellement une peine de 10 ans dans une prison fédérale. Pendant ce temps, OA retrouve Clay Voss, un ami de l’armée, et Scola tente d'accueillir une nouvelle coéquipière.
S07E03 - Une enquête explosive
Après une série d'attentats ciblés dans le Queens, l'équipe craint qu'une guerre des gangs à l'échelle de la ville soit imminente, jusqu'à ce qu'un tuyau donné par Clay attire leur attention sur un ennemi inattendu et puissant. Pendant ce temps, Scola continue de se battre pour trouver un nouveau partenaire.
S07E04 - La parole des femmes
La sœur de Sydney Ortiz, coordinatrice de profilage au FBI, est victime d'une tentative de viol à son domicile. Sydney parvient à convaincre Isobel de s’occuper de l’enquête, entraînant l’équipe dans la traque d’un violeur en série méticuleux contre qui les plaintes des précédentes victimes n’avaient jusqu’à présent pas fait l’objet d’enquête.
S07E05 - Chacun ses priorités
Une manifestation universitaire tourne à l’émeute et au chaos, obligeant l’intervention de la police new-yorkaise, ainsi que du FBI en raison de la présence de la sous-secrétaire générale de l’ONU dans le campus. Lorsqu’un étudiant est découvert sans vie après avoir été frappé à mort, le FBI doit faire la lumière sur ce crime.
S07E06 - L'épouse modèle
L'équipe traque un tueur en séries après la découverte de plusieurs cadavres de femmes à travers la ville.
S07E07 - La théorie du complot
Une garde-forestière au service des programmes pour enfants est abattue dans un parc national. La victime s’occupait également d’un monument commémorant les droits LGBT, conduisant les enquêteurs vers une communauté de complotistes et un possible crime de haine.
S07E08 - Un braquage en or
Un braquage a lieu dans une zone de fret sécurisée de l'aéroport JFK, au cours duquel une cargaison d'or a été volée et trois agents fédéraux abattus. Clay ayant été embauché via sa société de sécurité privée pour le compte du fonds spéculatif qui a acheté l’or, le FBI lui demande d’enquêter sous couverture.
S07E09 - La chute
Les meurtres d’un avocat ancien assistant du procureur et de son client, développeur informatique d’une compagnie aérienne, conduisent le FBI à découvrir qu’un groupe séparatiste bolivien préparerait un attentat aérien de grande ampleur sur des vols commerciaux…
S07E10 - Les ombres du passé
Faheem Ellahie, un informateur de longue date de Jubal, affirme qu’un attentat terroriste serait imminent mais négocie la libération de son frère contre ses informations. Constatant que son histoire ne tient pas debout, Jubal doit soutirer la vérité à cet homme qui l'a connu lorsqu'il était au plus bas à cause de ses addictions.
S07E11 - Un pacte avec le diable
Après une fusillade de masse dans un refuge pour migrants, le FBI soupçonne un crime raciste avant de découvrir un lien avec un baron de la drogue mexicain.
S07E12 - Trafic d'innocence
Lorsqu’une opération d’infiltration pour démanteler un trafic sexuel tourne mal et qu’une jeune femme est kidnappée, Maggie et toute l’équipe engagent une course contre la montre pour la retrouver avant qu’elle ne soit exfiltrée de New York.
S07E13 - La troisième cible
Le FBI enquête sur le meurtre de deux jurés fédéraux sélectionnés pour le procès d’un patron de la mafia. L’équipe découvre alors que les jurés n’étaient pas la véritable cible et remontent la piste jusqu’à une école militaire où Scola a été élève officier.
S07E14 - Le train de l'enfer
OA part en vacances avec sa petite amie Gemma tandis que l’équipe enquête sur le meurtre d’un conducteur de train, retrouvé dans le coffre de sa voiture. Lorsque des malfrats prennent le train dans lequel se trouvent OA et Gemma en otage pour demander une rançon, leurs vacances sont vite écourtées. Pendant que le FBI est mobilisé pour identifier et arrêter les auteurs, OA tente de désamorcer la situation de l’intérieur…
S07E15 - Copycat
Lorsqu’un tueur en série sévit dans New York en imitant le mode opératoire de Ray Distefano, qu’elle a mis derrière les barreaux, Maggie doit collaborer avec ce dernier pour que le FBI puisse anticiper les prochains crimes.
S07E16 - À découvert
Lorsqu'un agent fédéral sous couverture est tué en mission, l'équipe découvre que les identités de plusieurs autres agents ont été compromises, y compris celle de Maggie, qui mène une infiltration au sein d’un groupe éco-terroriste. L'agent Dani Rhodes, dont la couverture a elle aussi été compromise, prête main-forte à l'équipe pour découvrir qui est derrière cette fuite et protéger Maggie.
S07E17 - Petits meurtres en famille
Lorsqu'un célèbre rappeur et deux de ses fans adolescentes sont abattus dans son bus de tournée, le FBI découvre que l’affaire pourrait dépasser sa querelle avec un autre rappeur. Pendant ce temps, Isobel franchit une étape importante qui l'amène à envisager son avenir au Bureau.
S07E18 - On récolte ce qu'on sème
L’équipe enquête sur le meurtre de deux femmes, qui ont été brûlées vives à l’aide d’un produit proche du napalm. Leur enquête conduit les agents à une application de rencontre utilisée par les victimes, dont le concept repose sur des notes que les femmes attribuent aux hommes sur différents critères.
S07E19 - Menace imminente
Une petite fille a été kidnappée et le FBI découvre qu’elle a servi d’appât, via son père, pour que les ravisseurs puissent voler des explosifs. L’alerte est alors donnée pour une menace imminente lorsque l’équipe découvre un risque d’attentat biologique…
S07E20 - Start-up
Un puissant PDG, ainsi que sa femme et leur fille au pair, sont tués dans l’explosion de son penthouse. L’équipe cherche à comprendre comment une telle attaque a pu survenir au sein d’un bâtiment ultra-sécurisé lorsqu’un second PDG est tué de la même manière : par des drones militaires destinés à l’Ukraine et volés au Canada…
S07E21 - Adeptes
Après que deux agents de la division criminelle du fisc ont été poignardés, le FBI est de nouveau aux prises avec la communauté complotiste de Duke Ducoyle. L’influenceur extrémiste aux 7 millions de followers est une nouvelle fois suspecté d’avoir orchestré des meurtres par l’intermédiaire de ses adeptes les plus fidèles.
S07E22 - Un jour nouveau
Lors d’un entretien au centre d’évaluation des menaces, un lieu tenu secret, un lanceur d’alerte du département de la Défense informe Jubal Valentine qu’un attentat est prévu contre le quartier général du FBI avant qu’une fusillade éclate. Jubal comprend alors que le FBI a été infiltré par le groupe terroriste Forefront et que l’équipe va devoir travailler dans l’ombre pour démasquer les coupables…