Alors qu'il travaillait sur une mystérieuse affaire de disparition, le jeune photographe Kotaro Higashi prend une photo prouvant la responsabilité d'aliens. Accompagné de sa petite amie Izumi, il apporte sa trouvaille à la Patrouille scientifique, mais un événement inattendu fait de lui un surhomme doté d'incroyables pouvoirs. C'est alors qu'une imposante arme cosmique apparaît devant cet Ultraman à taille humaine…
Alors qu'il a rendez-vous avec Rena, Shinjiro reçoit un appel pour lui demander d'arrêter la furie d'un alien. Le journaliste Kotaro Higashi est témoin de l'incident.
S02E02 - La rage incendiaire
Kotaro tente d'en savoir plus sur les curieuses "serveuses" qu'il a remarquées juste avant la disparition en masse survenue à Tokyo. Moroboshi parle à Adad.
S02E03 - L'homme éteint
L'alien Pedant apparaît, formule ses exigences et somme l'humanité de répondre sous 24 heures. Taro fait tout pour que Jack accepte son aide.
S02E04 - L'agression
Tandis que Jack, Taro et Seven se rapprochent de leur cible, le siège de la PSESS est attaqué. Maya prend une décision difficile.
S02E05 - La forteresse dorée
Comme le temps file, Shinjiro rejoint Jack, Seven et Taro afin d'affronter la forteresse dorée, l'arme ultime déchaînée par Pedant.
S02E06 - ULTRAMAN N° 6
Jack et Taro tentent de détruire la forteresse dorée de l'intérieur. Dans la bataille qui s'ensuit, Shin et Shinjiro font front ensemble pour combattre Pedant.