L'impératrice Elisabeth, surnommée Sissi, était une pop star et influenceuse de son temps à la fin du XIXe siècle, une icône en Europe et dans le monde. Ses photos, représentant sa beauté légendaire, sont devenues des articles de merchandising à succès depuis et représentent un symbole de la royauté européenne dans son ensemble.
Jeune femme de caractère, fougueuse, à la fois enfant de la nature et garçon manqué : voici la duchesse Elisabeth de Bavière, surnommée Sissi ! Celle-ci s'apprête à se rendre à Bad Isch, dans le sud de la Haute Autriche, où sa sœur aînée, la duchesse Hélène "Néné" de Bavière, doit annoncer ses fiançailles avec l'empereur Franz Josef. Sur place, lors d'une poursuite à cheval, Sisi et Franz se retrouvent fortuitement dans une situation périlleuse...
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Désormais fiancée, Sissi voit sa vie complètement changer. Son futur est déjà tout tracé et elle doit se préparer rapidement à son prochain rôle : devenir impératrice. Malgré l'amour qu'elle porte à Franz, Sissi peine à le comprendre parfaitement. Fanny, une prostituée, devient une amie inattendue. Elle devient sa dame d'honneur et sa proche confidente. L'évément du siècle approche : le mariage.
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La nuit de noces de Sissi est un échec. Mais devant sa mère, l'austère l'archiduchesse Sophie, l'empereur affirme que leur mariage a bien été consommé. Fanny est soupçonnée par la comtesse Esterhazy d'être un imposteur et elle est bannie de la cour. Lors de leur lune de miel, les jeunes mariés se rapprochent. Leur première réception officielle approche et Sissi aide Franz à apaiser les rebelles hongrois.
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Sissi et Franz consomment enfin leur mariage et rattrapent le temps perdu. Elle retrouve la trace de Fanny et lui demande conseil pour tomber enceinte, mais elle doit échapper à la surveillance de la cour pour la voir. Pendant ce temps, la situation en Lombardie empire : les rebelles attaquent et tuent le gouverneur. Franz doit faire la guerre, ce qui provoque un mouvement de protestations au sein de la population et risque d'embraser à nouveau la Hongrie. Sissi tombe enceinte à la plus grande joie de tous, mais elle se retrouve prisonnière du palais. Elle ne partage plus les appartements de l'empereur et finit par découvrir que celui-ci a une maîtresse. La comtesse Esterhazi organise une rencontre secrète entre Sissi et un rebelle hongrois, l'un des meneurs du mouvement. Ce dernier lui prie de remettre un courrier à son époux pour tenter d'établir une paix durable en Hongrie. Alors que la situation politique est des plus tendues, Sissi accouche d'une petite fille. Le jour du baptème, un rebelle s'introduit dans la cathédrale et blesse l'empereur.
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Franz échappe de justesse à une tentative d'assassinat. La guerre est un désastre pour l'Autriche. Sissi vient en aide à une infirmière dans un hôpital militaire de Laxenbourg. Elle tente de convaincre Franz de rencontrer le comte Andrassy.
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Accablés par la douleur de la tragédie, Sissi et Franz rentrent à Vienne avec le corps de la défunte.