Naoto Miura, 16 ans, est un adolescent passionné par les mécanismes complexes. Il préfère d'ailleurs les automates aux vivants et tente tant bien que mal de terminer son propre prototype. Un jour, alors qu'il est tranquillement chez lui, un objet semblable à un cercueil de verre tombe du ciel directement dans son salon. A l'intérieur se trouve RyuZU, une mystérieuse automate créée par Y.