42 épisodes
Chaîne d'origine : Fuji Television
Diffusée à partir de : 1996
Voir le casting complet de la saison 1


Shinichi Kudo est élève de première. Pour avoir résolu plusieurs affaires difficiles beaucoup le considère comme le "le plus grand détective". Alors que Shinichi et Ran se baladaient à une fête foraine, il fait la rencontre d'hommes étranges vêtu de noir, par sa curiosité et intuition, Shinichi les suit, découvert le hommes en noir lui font boire un poison expérimental pour le faire taire mais l'effet et inattendu: ... il rajeunit.
Shinichi se refuge chez Ran sous les traits de Conan Edogawa. Le Docteur Agasa fait passer Conan pour son neveu, il dit à Ran que ces parents sont à l'hôpital et celui-ci demande à Ran de garder Conan car il pense que cela pourrais aider Conan à trouver des infos sur les hommes en noir. Car le père de Ran, Kogoro Mouri, est détective. A peine arrivé chez Ran, Kogoro est appelé sur une affaire où un homme en noir aurait kidnappé la fille D'un président de compagnie. Conan suit Kogoro.
Le Dr Agasa donne une de ses inventions à Conan, le noeud papillon changeur de voix, tandis que la célèbre star Yokokino fait appel à Kogoro pour savoir qui la suit. Kogoro accepte l'affaire. En allant à l'appartement de la star, un corps est retrouvé au milieu de l'appartement.
Genta trouve une feuille avec plusieurs dessin marqué dessus. Genta pense qu'il s'agi d'une carte au trésor. Le groupe Ayumi, Genta, Mitsuhiko et Conan partent à la recherche du trésor et au passage Genta donne un nom au groupe: Les détectives juniors (Dective Boys).
Ran, Kogoro et Conan sont invités au mariage d'un ami, ils doivent prendre le train. Conan Tombe sur deux en hommes en noir et décide de les espionner en croyant qu'il s'agit de ses agresseurs, il s'avère que cela sois faux. Mais grâce à un micro miniature il entend une conversation des deux hommes et apprend qu'il y a une bombe à bord du train. Conan vas tout faire pour avertir qu'il y a une bombe. Au point de dévoiler sa véritable identité?
Ran et Sonoko sont invitées à une fête de saint Valentin. L'ambiance règne durant tout le long de la fête jusqu'a ce que le corps d'un des invités et retrouver in-animer dans le jardin.
Monsieur Ogawa vient demander de l'aider à Kogoro pour savoir qui lui envoie des jouets et de l'argent chaque mois depuis deux ans.