Cette saison revient sur l'enfance de plusieurs personnages. Plus tard, Naruto et Hinata célèbrent leur mariage, mais il y a des absents...
Le père d'Itachi emmène son fils voir un champ de bataille à l'âge de 4 ans. Profondément marqué par cette vision d'horreur, Itachi n'a plus qu'une idée en tête : maintenir la paix !
Le êve de Tsunade est exploré, dans lequel les aspects clés de la vie de Naruto sont différents.
Lors d'une confrontation avec Naruto, Obito commence à se rendre compte de ses erreurs, mais le chemin de la rédemption est encore long.
Alors que les seconds Examens Chûnins débutent après la désertion de Sasuke à Oto, Naruto s'entraîne avec Jiraya.
Orochimaru réincarne les quatre anciens Hokage, dont Minato, le père de Naruto, tandis qu'Hashirama révèle son passé avec Madara.
Après que les Forces Alliées et l'Akatsuki soient sortis pour la guerre, la bataille continue de faire rage.
Ravivé par Kabuto, Madara se lance à la poursuite de Naruto, bien déterminé reprendre le contrôle de Kyûbi, le renard à neuf queues.
Alors que Naruto prend part au combat, Tobi et son Zetsu blanc furtif sont déterminés à en découdre.
Les Cinq grands pays et le Pays du Fer s'unissent dans l'Alliance Shinobi et s'opposent à Tobi et l'Akatsuki, pour protéger les Jinchûriki, Naruto Uzumaki et Killer Bee.
Tous les cinq grands pays forment une alliance avec le Pays du Fer et se préparent pour la Quatrième Grande Guerre Ninja alors que Naruto s’entraîne à contrôler le démon renard à neufs queues.
Le sang se répand alors que Danzô fait la rencontre fatidique de Sasuke. Plus tard, Naruto intervient lorsque la vie de Sakura est menacée.
Sasuke réapparaît et compte se rendre à Konoha pour assouvir sa vengeance. Pendant ce temps, Kakashi est proposé comme Rokudaime Hokage par Shikaku, le père de Shikamaru.
La jalousie de Sasuke envers Naruto crée des tensions. Les équipes 7 et 10 unissent leurs forces pour venir en aide à un village, et une vérité troublante est révélée.
Arrivé là où Itachi lui a donné rendez-vous, le reste de son équipe devant rester en arrière avec le partenaire d'Itachi, le face-à-face tant attendu avec Sasuke peut débuter.
Sasuke, plus fort que jamais, se prépare à affronter son mentor et son frère, tandis que l'équipe de Naruto découvre un nouveau jutsu mystérieux et interdit.
Maintenant que Konoha est sauvé de la destruction, Naruto peut reprendre son entraînement... Dans le même temps, deux nouveaux membres d’Akatsuki font leur apparition : Hidan et Kakuzu.
À peine revenus de leur mission de Suna, Naruto et Sakura accompagnés cette fois de Yamato et de Sai, partent à la rencontre de l’espion de Sasori.
Suite aux douloureux évènements qui ont bouleversé le village de Suna, Konoha envoie ses 2 meilleures équipes pour leurs prêter main forte et sauver Gaara des griffes de l'Akatsuki.
Naruto Uzumaki et son équipe se lancent dans un nouveau défi. Ils doivent combattre la sinistre organisation Akatsuki pour sauver Gaara, le chef d'un village.