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Chizuru voyage toujours aux côtés du Shinsengumi, à la recherche de son père. Suite à la bataille de Toba-Fushimi et de la fuite du Shogun, le Shinsengumi décide de s'enfuir à Edo. Mais une fois arrivé là-bas, la guerre reprendra entre les troupes du Shogunat et celles des Sasho.
10 épisodes
Chaîne d'origine : Tokyo MX
Diffusée à partir de : 4 octobre 2010
Voir le casting complet de la saison 2
Suite à la défaite du Shinsengumi, ses membres se reposent à Shinagawa. Portés par le nouveau gouvernement et Kondô, Hijikata, désormais un Rasetsu, espère arriver à bout de la coalition et de ses armes modernes.
Les troupes de Kondô, pourtant parties en campagne avec plein d'espoir, apprennent que l'ennemi les a devancés. Hijikata est donc obligé de se séparer des troupes pour chercher du renfort, laissant Chizuru au milieu du champ de bataille.
Les troupes de Kondô, en large difficulté, se rendent compte que des Rasetsu pouvant combattre en plein jour sont dans les troupes ennemies. Quant à Chizuru, elle croise de nouveau une certaine Kaoru dont les objectifs vont en surprendre plus d'un.
Le Shinsengumi poursuit sa fuite et se retranche à Edo. Alors qu'ils apprennent que le pouvoir possédé par les Rasetsu fragilise leurs détenteurs, le commandant Kondô, de nouveau face à une situation insurmontable, va devoir prendre une décision cruciale pour sauver ses troupes.
Hijikata est contraint de quitter Edo en laissant Kondô derrière lui, le propulsant directement à la tête du Shinsengumi. Cette responsabilité en pleine guerre civile dont la victoire de l'ancien gouvernement semble difficile, n'accable-t-elle pas le samouraï ?
Suite à la bataille d'Utsunomiya où Hijikata a mené un combat à la fois incroyable et très dangereux, ce dernier guérit encore difficilement de ses blessures. Par ailleurs, Okita Sôji, après avoir appris l'arrestation du commandant Kondô, a décidé d'abandonner le Shinsengumi.
Kondô, l'ex chef du Shinsengumi, et Sôji, se sont sacrifiés pour Hijikata encore en convalescence. L'armée impériale, elle, continue de gagner du terrain, et Saitô est obligé de remplacer Hijikata à Aizu, où il doit combattre en collaborant avec les guerriers locaux, qui suivent à la lettre le code des samouraïs.
Saitô Hajime s'étant lui aussi sacrifié, Hijikata et Chizuru se replient sur Sendai pour obtenir davantage de renforts. Mais le contact avec les Rasetsu partis en éclaireurs semble avoir été rompu…
Tandis que Sannan a pu, dans son dernier souffle, montrer sa loyauté auprès du Shinsengumi, l'armée de l'ancien gouvernement parvient à s'établir autour de Hakodate. Alors qu'un État est sur le point d'être fondé à Ezo, Hijikata, à la tête de l'armée, vit mal l'absence de Chizuru.
Chizuru a pu rejoindre Hijikata qui ne pouvait plus poursuivre le combat sans elle à ses côtés. L'étau se resserre avec l'armée impériale qui encercle de plus en plus les armées d'Ootori et Hijikata, tandis que ce dernier a de plus en plus de mal à supporter son état de Rasetsu.