En l'an 3 de l'ère Bunkyū (1863 après J. C), soit un an avant les évènements de Hakuōki Shinsengumi Kitan, le Shinsengumi alors appelé Rōshigumi arrive à Kyoto. Serizawa Kamo, le capitaine de la troupe du Mito sauve la vie de Ibuki Ryunosuke, un jeune garçon fils d'un samourai qui fut attaqué par des Ronins et laissé pour mort.