À l'ère Edo, en 1770, Manji, le samouraï immortel, poursuit sa quête : tuer 1000 scélérats pour racheter ses crimes passés. La jeune Lin, soucieuse de venger sa famille quémande son aide et ensemble, ils partent en guerre contre la terrible école du Ittô-Ryû.
Ryōta Sakamoto se retrouve coincé à l'intérieur de son jeu favoris, sur une île tropicale. Pour en échapper, il doit réunir 7 pierres, qu'il obtient en tuant d'autres personnes.
Alors que le champion d'arts martiaux Baki Hanma s'entraîne dur pour surpasser le niveau légendaire de son père, cinq rivaux débarquent à Tokyo dans le but de l'affronter.