5012 AD. Des extraterrestres ont soudainement envahi la Terre en envoyant des formes de vies mécaniques. L'humanité est sur le point de disparaître, mais réfugié sur la lune, un petit groupe organise la riposte en créant des soldats androïdes.
Nous sommes en 2040. Un jeune homme, Reito, victime d'une maladie rare est plongé dans un long sommeil cryogénique le temps qu'un remède soit trouvé. Au bout de son long sommeil, il découvre un monde dans lequel 99,9 % des hommes ont disparu et est peuplé quasi uniquement des 5 milliards de femmes restantes !
Le 16 août, au beau milieu de vacances d'été qui semblent interminables, Nagara, un collégien, Nozomi, une mystérieuse personne qui vient d'être transférée et des camarades de leurs classe sont soudainement transportés de leur tranquille vie quotidienne vers une école à la dérive dans une dimension alternative. Grâce aux pouvoirs qui se sont éveillés en eux, ils vont devoir tout donner pour survivre.
Certes, Vash the Stampede est armé, mais il est une personne pacifiste et joyeuse, alors pourquoi sa tête est-elle mise à prix pour 6 millions de dollars ? C'est ce qui intrigue la journaliste débutante Meryl Stryfe et son partenaire, un vétéran blasé. Et lorsqu'ils rencontrent ce soi-disant justicier, ils découvrent quelqu'un qui déteste le sang ! Mais en parallèle, leur enquête les mène aussi vers son frère jumeau maléfique, Millions Knives.
En 2045, deux enfants nés sur la Lune et trois enfants de la Terre tentent de survivre après qu'un accident survenu sur leur station spatiale les a laissés bloqués.