Le chien Scooby-Doo et ses amis Fred, Daphné, Sammy et Véra enquêtent sur des incidents paranormaux survenus dans le parc d'attractions Spooky Island. L'excentrique Emile Mondavarious craint en effet que son site ne soit réellement hanté.
Lorsque Jerry s'installe dans le plus bel hôtel de New York la veille du mariage du siècle, Kayla, la wedding planneuse, n'a d'autre choix que d'embaucher Tom pour se débarrasser de l'intrus.
Edgar mène une vie tranquille dans la forêt, jusqu'au jour où un camion accidenté y déverse ses produits chimiques. Edgar et ses amis partent alors pour une formidable aventure dans la campagne afin de trouver et ramener une fleur capable de sauver la petite fille de leur professeur, contaminée.
Scooby et ses amis se rendent sur une île pleine de mystères et recherchent le fantôme du pirate Moonscar. Mais très vite, ils découvrent qu'ils ne sont pas seuls...
Un corsaire est libéré de prison par la CIA pour participer à une mission dangereuse: se faire passer, avec un autre agent, pour un dealer de drogue afin de sauver un scientifique retenu prisonnier par un dictateur sur une île des Caraïbes.