Lord Farquaad souhaite épouser la princesse Fiona, mais celle-ci est retenue prisonnière par un abominable dragon. Il lui faut un chevalier assez brave pour secourir la belle. L'ogre Shrek se porte volontaire...
Devenus de jeunes mariés, Shrek et Fiona rentrent de leur heureuse lune de miel. Ils sont invités par les parents de Fiona à venir dîner dans leur royaume, à Far Far Away. Mais ils ne se doutent pas que leur fille est devenue une ravissante ogresse.
Lorsqu'un lion, un zèbre, une girafe, un hippopotame et une poignée de pingouins psychotiques fuient leur zoo new-yorkais pour secourir l'un des leurs, l'aventure s'écrit avec un grand A...