Lorsque Nick Fury, le directeur du S.H.I.E.L.D., l'organisation qui préserve la paix au plan mondial, cherche à former une équipe de choc pour empêcher la destruction du monde, Iron Man, Hulk, Thor, Captain America, Hawkeye et Black Widow répondent présents.
Un traitement permet aux mutants d'échapper à ce qu'ils sont. Ils ont le choix : conserver ce qui fait leur caractère unique mais leur vaut la méfiance de l'humanité, ou bien abandonner leurs pouvoirs et devenir des humains à part entière.
Steve Rogers est désormais à la tête des Avengers, dont la mission est de protéger l’humanité. À la suite d’une de leurs interventions qui a causé d’importants dégâts collatéraux, le gouvernement décide de mettre en place un organisme de commandement et de supervision...
De nos jours, les mutants coexistent avec les humains mais provoquent toujours un vif émoi au sein de la population qui les rejette. Une guerre éclate alors entre les X-Men, les mutants du Professeur X, et ceux de Magnéto, en guerre contre l'humanité...
Wolverine, l’éternel guerrier marginal, se retrouve au Japon. Vulnérable pour la première fois et poussé au bout de ses limites physiques et émotionnelles, Wolverine affrontera non seulement l’acier mortel du samouraï mais aussi les questions liées à sa propre immortalité.
Steve Rogers, frêle et timide, se porte volontaire pour participer à un programme expérimental qui va le transformer en un Super Soldat connu sous le nom de Captain America. Allié à Bucky Barnes et Peggy Carter, il sera confronté à la diabolique organisation HYDRA...
Né il y a plus de 5000 ans en Egypte ancienne, Apocalypse est le premier mutant au monde. Sa capacité à changer d'apparence, sa force exceptionnelle, ses pouvoirs de télépathie et de téléportation, font de lui un dieu vivant, évoluant à des moments clés de l'Histoire.