Un traitement permet aux mutants d'échapper à ce qu'ils sont. Ils ont le choix : conserver ce qui fait leur caractère unique mais leur vaut la méfiance de l'humanité, ou bien abandonner leurs pouvoirs et devenir des humains à part entière.
Les mutants font face à une nouvelle menace : alors que la polémique fait rage autour d'un meurtre commis par l'un d'eux, le mouvement anti-mutants lance une attaque contre leur école. Magnéto se joint aux X-Men dans ce combat pour leur survie...