Les deux réalisateurs, Benoît Daffis et Jean-Christian Tassy, sont amis et se connaissent depuis 25 ans. Ils ont notamment travaillé ensemble sur un épisode de la troisième saison des As de la jungle à la rescousse, le premier comme réalisateur, l'autre comme monteur.
Avant Falcon Express, Benoit Daffis et Jean-Christian Tassy n’avaient jamais réalisé de film d’animation mais possèdent une solide expérience au sein du studio. Benoît Daffis a occupé les fonctions de directeur artistique et auteur graphique sur les trois derniers longs-métrages ainsi que storyboarder sur les premiers unitaires et les deux premières saison des As de la jungle à la rescousse. Jean-Christian Tassy, lui, monte les productions TAT depuis 2014, notamment Les As de la jungle à la rescousse saison 2, Les As de la jungle (le film), Terra Willy, Pil et Pattie et la colère de Poséidon.
En amont de sa sortie en salles, Falcon Express a été présenté lors de l’édition 2025 du Festival International du film d’animation d’Annecy.
Avec Falcon Express, les réalisateurs revisitent le genre du film catastrophe. Ils avaient en tête des références comme Runaway Train d’Andrey Konchalovsky (1986), Speed de Jan de Bont (1994) ou encore Unstoppable de Tony Scott (2010).
Pour le personnage de Rex, le chien policier, les réalisateurs se sont inspirés de Clint Eastwood. À tel point qu’ils ont fait appel à Hervé Jolly, sa voix officielle, pour le doubler.
Faire exister tous les personnages d’animaux dans le train s’est révélé un véritable challenge pour Benoît Daffis et Jean-Christian Tassy. Du point de vue de l’animation, cela n’a pas été forcément simple et les deux réalisateurs ont ainsi supprimé des protagonistes en cours de route comme un serpent qui s’appelait Annaconda ou encore un couple de vieux chiens qui n’avaient pas un gros impact sur l’histoire.
Ce ne sont pas Benoît Daffis et Jean-Christian Tassy qui ont signé le scénario du film mais Jean-François Tosti, Éric Tosti et David Alaux, les fondateurs de TAT Productions. Ces derniers ont également signé les scripts des As de la jungle, Terra Willy, Pattie et la colère de Poséidon et Les As de la jungle 2.
Falcon Express a bénéficié d’un budget de 12,5 millions d'euros (14,3M$).
La séquence de l’affrontement entre Hans et Falcon sur fond de 9ème symphonie de Beethoven est l’un des passages clés du film. Cependant, elle a bien failli ne pas voir le jour. Les réalisateurs, qui avaient cette scène en tête depuis le début, ont dû défendre leurs convictions face à la production, réticente en raison de son coût économique. De manière à convaincre les producteurs, Benoît Daffis s’est donc remis au storyboard pour que cette séquence clé du film passe les étapes du layout puis de l’animation.