Le scénario de Ma famille de samouraïs s'inspire du roman Nihonjin, publié en 2011 par Oscar Nakasato, lui-même descendant d'immigrants japonais. À travers ce récit, l'auteur et la réalisatrice Celia Catunda abordent la fracture culturelle et générationnelle au sein des familles déracinées. La cinéaste explique d'ailleurs : « Le personnage du grand-père a toujours voulu rester un Japonais au fond de lui, mais son petit-fils est l'opposé, il veut s'affirmer en tant que Brésilien [...]. Le film est basé sur ce conflit. »
Sur le plan visuel, le film puise sa direction artistique dans l'œuvre du peintre nippo-brésilien Oscar Oiwa, dont les peintures illustrent d'ailleurs le générique de fin. Celia Catunda a cherché à concilier cette esthétique particulière avec les exigences de l'animation : « Lorsque nous avons choisi la peinture d'Oscar Oiwa comme principale inspiration visuelle, nous avons dû traduire ce langage en animation, en veillant à ce que les arrière-plans expressifs et riches en coups de pinceau ne prennent pas le dessus sur les personnages. »
Afin de représenter fidèlement la communauté nippo-brésilienne et éviter les clichés, l'équipe de production a fait appel aux services d'une consultante culturelle japonaise, Kyoko Hirano. Son rôle a consisté à superviser la production du scénario jusqu'à la bande-son composée par André Abujamra et Márcio Nigro. L'objectif était de s'assurer du respect des attitudes et comportements des personnages, tout en veillant « à ce que les tonalités et instruments orientaux ne soient pas trop clichés ».