L'idée de The Holy Boy trouve ses origines à la fin des études du réalisateur Paolo Strippoli et de ses coscénaristes Milo Tissone et Jacopo del Giudice au Centro Sperimentale di Cinematografia de Rome. Écrit à partir de la fin de l'année 2017, le récit vise à interroger les mécanismes compensatoires que l'être humain met en place pour échapper à la souffrance. Le cinéaste explique : « Nous sommes programmés [...] pour ne pas souffrir et pour nous sentir bien ».
Pour dégoter l'interprète de Matteo Corbin, la production a mené près d'un an de recherches avant que la directrice de casting Anna Pennella ne découvre le jeune Giulio Feltri dans un atelier de théâtre à Rome. Bien que Paolo Strippoli ne cherchait pas un acteur romain au départ, Giulio a su le convaincre après cinq auditions de quatre heures. Le réalisateur explique qu'il souhaitait une « imperfection authentique » qu'un jeune non-professionnel pouvait seul apporter.
Le scénario s'inspire de croyances populaires réelles, notamment du « culte du glorieux Alberto » dans la Campanie des années 1940, où un jeune garçon décédé était vénéré par la population. L'équipe s'est également appuyée sur des textes sacrés liés à la figure de l'Antéchrist, tout en évitant les stéréotypes du folk horror traditionnel. Si The Wicker Man reste une référence majeure pour le cinéaste, il préférait jouer avec les codes de manière plus subtile.
Pour interpréter Sergio, l'enseignant muté dans ce village isolé, le réalisateur tenait absolument à engager Michele Riondino. En plus de son talent, l'acteur apportait une touche d'authenticité venue de sa région natale des Pouilles, créant un décalage saisissant avec le cadre alpin du village. Paolo Strippoli le considérait ainsi comme un véritable « extraterrestre » au milieu de cette communauté pétrie de rituels et de mysticisme.
Le tournage de The Holy Boy s'est déroulé entre août et octobre 2024 dans la province d'Udine, au sein de la région alpine du Frioul-Vénétie Julienne en Italie. Des communes comme Sappada, Tarvisio, Malborghetto et Pontebba ont servi de décors pour donner vie au village imaginaire de Remis. Ce cadre montagneux et isolé était indispensable selon le cinéaste pour favoriser le développement de croyances bien particulières.
Lors du tournage d'une scène particulièrement intime où son personnage est en sous-vêtements dans sa chambre, le jeune débutant Giulio Feltri a ressenti une vive appréhension. Il a alors demandé à Paolo Strippoli de vider le plateau pour ne conserver que les personnes indispensables. Le comédien se souvient d'ailleurs avec amusement : « Je ne voulais même pas que mes parents soient dans les environs ; je les voulais à trois kilomètres de là ! ».