Après une maîtrise et un doctorat d'audiovisuel à Paris, Marie Frapin devient assistante de recherche sur l'image au Centre Pompidou. Elle deviendra par la suite, assistante réalisatrice à France 2, puis auteure-réalisatrice de films documentaires pour France 5, France 2 et Arte. Depuis quelques années, Marie Frapin s'oriente vers un travail documentaire plus personnel, avec des films tels que Cyrano et la petite valise.