Pendant la geurre, un médecin SS, découvrant la réalité des camps de concentration, et le prêtre qu'en conséquence il a alerté, tentent de convaincre le Vatican de dénoncer au monde les atrocités nazies.
Le film de Costa-Gavras est peut-être moins violemment subversif ou pamphlétaire que ne le laissait supposer, à sa sortie, l'affiche honnie par les catholiques (la fusion de la Croix et de la crox gammée). "Amen" évoque, de façon simple et didactique, les compromissions du Vatican, un certain cynisme qui lui fait privilégier ses intérêts plutôt que le sort des juifs. Rien de sensationnel, au demeurant, et c'est dans doute la faiblesse du film que de se maintenir dans une critique élémentaire.
Toutefois, "Amen" ne s'articule pas seulement autour du ballet diplomatique dans les couloirs du Saint-Siège ou des circonlocutions éhontées du pape et de ses cardinaux; pour une large part, Costa-Gavras s'intéresse au personnage de Kurt Gerstein, le médecin accablé. Ce chrétien de la bourgeoisie allemande, SS par patriotisme, a encore une conscience et il n'a de cesse d'agir et de dénoncer. Son portrait apparait plus abouti, plus important aussi, que celui du prêtre qu'interprète Mathieu Kassovitz, dont la compassion constitue tout et uniquement le caractère.
Quand à la solution finale, le cinéaste l'évoque de deux façons: l'une imagée, avec les allers et retours incessants des trains de la mort pendant les tergiversations diplomatiques, l'autre, sordide plus encore, où l'on voit (ce que Godard considérait comme le plus cruel point de vue sur le génocide) des officiers SS s'inquiétant des
problèmes logistiques de l'extermination.
on regrettera globalement l'académisme de la mise en scène.