Scooby-Doo, Sammy et leurs amis parcourent le Japon à la recherche du fameux Sabre du Destin, une arme magique aux pouvoir extraordinaires. Durant leur voyage, un maître d'armes leur apprend les fondements des arts martiaux, qui leur seront fort utiles pour combattre le terrible Samouraï Noir, également à la recherche du sabre.
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