Infernal Affairs 2 se situe plus de dix ans avant le premier film : il raconte le parcours de jeunesse de Chan, qui vient tout juste d’infiltrer les triades, et Lau, qui entre dans la police, ainsi que la prise du pouvoir par Sam au sein du gang.
Au 9e siècle, la Chine est le théâtre de nombreux conflits. La dynastie Tang n'est plus aussi prospère que par le passé et le gouvernement corrompu tente de lutter contre les groupes de rebelles qui se multiplient sur le territoire.
L’inspecteur Ming est un gangster infiltré dans la police qui a réussi à changer de camp après avoir éliminé toutes les personnes au courant de son double jeu. Lorsqu’il craint une nouvelle fois que sa véritable identité soit découverte, son monde bascule.