Le terrible combat qui a opposé Dialga et Palkia à la ville d'Alamos a eu de graves répercussions sur le Monde Inversé, ce qui a entraîné la colère de Giratina, le maître de ces lieux. Celui-ci souhaite désormais se venger et semble vouloir s'en prendre également à Shaymin, un curieux Pokémon aux pouvoirs étonnants.
Un Amérindien, en colère contre les nouveaux aménagements de la petite ville qu'il habite, pénètre dans le musée et ramène involontairement à la vie trois fossiles de dinosaures. Les monstres préhistoriques sèment alors la pagaille dans les rues.
Quand Hansel découvre une communauté de sorcières et se prépare à l'intégrer, sa sœur jumelle Gretel se rend compte que leur destin consiste à chasser ces créatures impies. Ils décident alors de s'allier pour vaincre la Sorcière des Bois.
Quelques personnages dont un prix Nobel de sciences se retrouvent dans un sous-sol delabre d'un pays indetermine. Ils lisent en pedalant pour activer une dynamo qui leur donne de la lumiere. Il s'agit du personnel d'un musee, bloque a la suite d'une explosion atomique. Le prix Nobel ecrit a son fils Eric qu'il a cherche en vain dans la ville devastee.