Alors qu'il retrouve la trace d'un amour perdu, Zatoichi est traqué par un gang de yakuzas bien décidés à lui faire payer la défaite cuisante qu'il leur a causé durant un précédent affrontement.
Zatoichi se lance sur les traces des meurtriers de son maître : il découvre alors un complot impliquant les dirigeants du village local et la famille de la victime.
Alors qu'il tente de purifier son âme des nombreux meurtres qu'il a sur la conscience, Zatoichi croise la route d'un chef de clan yakuza particulièrement violent.
Lorsqu'un scientifique comprend qu'il peut découvrir le sens de la vie, deux organisations secrètes tentent tout pour dérober le travail du chercheur. Deux tueurs à gage sont donc chargés de protéger le scientifique et d'éviter que son projet ne puisse tomber entre de mauvaises mains.
Dans le futur, un flic se voit assigné un nouveau partenaire : un androïde. Ces deux têtes brûlées doivent pénétrer dans la "zone", un quartier infecté par un virus. Un territoire hostile où le danger est partout...